De stichting heeft een bestuur en heeft de activiteiten verder georganiseerd via werkgroepen. De verschillende werkgroepen zijn te benaderen via hun gezamenlijke mailadressen. Het bestuur speelt een coördinerende rol en ondersteunt de werkgroepen waar nodig. Éénmaal per jaar, in november, is er een algemeen overleg waarin alle betrokkenen bij het vleermuisvangsysteem uitgenodigd zijn. Door het jaar heen overleggen het bestuur en de voorzitters van de werkgroepen in een overleg dat het 'groot-bestuur' genoemd wordt.
Bestuur
Voorzitter: Anne-Jifke Haarsma (Dit e-mailadres wordt beveiligd tegen spambots. JavaScript dient ingeschakeld te zijn om het te bekijken.)
Secretaris: Tom de Rooij Dit e-mailadres wordt beveiligd tegen spambots. JavaScript dient ingeschakeld te zijn om het te bekijken.)
Penningmeester: Marco Snijder (Dit e-mailadres wordt beveiligd tegen spambots. JavaScript dient ingeschakeld te zijn om het te bekijken.)
Werkgroepen
Vleermuisvangcommissie (VVC) (Dit e-mailadres wordt beveiligd tegen spambots. JavaScript dient ingeschakeld te zijn om het te bekijken.)
Opleiderswerkgroep (Dit e-mailadres wordt beveiligd tegen spambots. JavaScript dient ingeschakeld te zijn om het te bekijken.)
Evenementencommissie (Dit e-mailadres wordt beveiligd tegen spambots. JavaScript dient ingeschakeld te zijn om het te bekijken.)
Scientific Advisory Board (Dit e-mailadres wordt beveiligd tegen spambots. JavaScript dient ingeschakeld te zijn om het te bekijken.)
Website-team (Dit e-mailadres wordt beveiligd tegen spambots. JavaScript dient ingeschakeld te zijn om het te bekijken.)